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肝母细胞瘤(Hepatoblastoma,HB)起源于多能干细胞或肝祖细胞的异常发育,是儿童高度恶性的胚胎干细胞癌。肝母细胞瘤发生罕见、诊断困难,尽管在治疗方面有一定的进步,但仍存在预后较差的现象,早期死亡风险很高。因此充分了解HB的发病机理和分子机制,对于改善HB患者早期诊断、治疗以及预后至关重要。蛋白质翻译后修饰(PTM)是调控蛋白功能,影响细胞通路调控的重要模式。近年的研究也越来越多的通过蛋白质组学系统生物学的手段揭示包括磷酸化、乙酰化、琥珀酰化、糖基化等常见或新型翻译后修饰在肿瘤的发生发展中发挥着重要作用。2019年10月11日,来自上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心的潘秋辉教授和徐敏教授团队在国际知名期刊Signal Transduction and Targeted Therapy上发表题为“Global profiling of O-GlcNAcylated and/or phosphorylated proteins in hepatoblastoma”的研究论文,宋航博士、马纪博士和卞知玄博士为文章的共同第一作者。研究者以肝母细胞瘤为研究对象,从蛋白质修饰组学的角度,对HB组织与正常肝组织中磷酸化修饰水平和O-糖基化修饰水平进行了大规模鉴定,并研究分析了两种修饰涉及的分子过程。据悉,潘秋辉教授在肝母细胞瘤研究领域已经发表多篇SCI文章,本研究的结果揭示了肝母细...
发布时间: 2019 - 10 - 31
蛋白质翻译后修饰(PTM)在细胞进程调控中扮演至关重要的角色,通过改变蛋白质的性质,如结构、稳定性、复杂的形成或酶活性而发挥作用。蛋白质中的20种氨基酸,赖氨酸是最常见的共价修饰的目标之一,可发生诸如泛素化,乙酰化,丙酰化,丙二酰化,巴豆酰化等修饰。通过这些修饰,含有赖氨酸的蛋白调控作用被大大拓宽。近日,来自密西西比州立大学的彭兆华团队以及来自江苏省农科院粮食作物研究所的王才林团队联合在国际知名期刊Molecular & cellular proteomics上发表题为Comprehensive analysis of the lysine succinylome and protein comodifications in developing rice seeds的研究文章。研究者利用系统生物学手段,应用基于质谱的蛋白质翻译后修饰组学研究思路,全面分析了不同发育时期水稻种子的琥珀酰化修饰水平并通过生物信息学分析了琥珀酰化修饰与种子关键调控通路的关联。景杰生物为该研究的蛋白质琥珀酰化修饰检测提供了技术支持。在本篇文章中,研究者关注到粮食作物水稻种子的发育过程中的琥珀酰化修饰。研究者首先应用琥珀酰化修饰泛抗体(PTM-401)对不同的水稻组织进行Western Blot检测,发现包括不同发育阶段的种子、根、叶、花等组织和器官中均检测到蛋白琥珀酰化修饰的条带(图1)。图1:水...
发布时间: 2019 - 10 - 31
细胞生命活动会产生数千种的代谢小分子,这些小分子不仅仅是蛋白质(酶)催化的产物,同时也能够反过来通过共价修饰的方式影响蛋白质的功能。例如,乙酰CoA是TCA循环的重要产物,以此为供体所产生的蛋白质乙酰化修饰,在基因表达调控、代谢和信号转导通路调节、癌症发生发展等过程中都发挥了重要的作用。从应用的角度来看,组蛋白去乙酰化酶的抑制剂(HDAC inhibitor)也已经作为一类临床药物在使用。因此,揭示这种蛋白质-代谢物的相互调节机制,对于理解生命的变化、 疾病的发生、诊断和治疗, 具有重大的科学意义。从生化本质上来说,各类小分子和蛋白质共价结合发生修饰应当是一种普遍的机制。但目前已知的这类修饰仍然非常有限,究其原因是缺乏很好的研究思路和方法,而高精度质谱技术的发展无疑为这个领域的进展提供了强大的武器。然而,传统的质谱方法是用于检测“已知”的质量偏移,能否用来发现全新的修饰类型呢?为解决这个重要问题,芝加哥大学的赵英明教授团队于2009年在 P NAS 上发布了一种寻找新的质量偏移的软件工具PTMap [1] ,为后续新型修饰的发现奠定了基础。自此以来,赵英明教授课题组陆续发现了丙酰化、丁酰化、巴豆酰化、琥珀酰化、丙二酰化、戊二酰化、二羟基异丁酰化、三羟基丁酰化以及苯甲酰化等多种修饰 [2-3] ,极大丰富了人们对酰化修饰的认识和理解 。 其中赵...
发布时间: 2019 - 10 - 24
蛋白生物标志物发现是理解病理的非常重要的一步,也是在药物研发过程中,鉴定潜在药物和诊断目标物的重要一步。血浆和血清是关于一个人健康与否信息的重要来源,尽管投入了大量资金,但很少有新的生物标志物能真正进入临床。因此需要使用一个相对定量的差别分析方法,发现这些假定的、跟疾病有关的标志物,并要求严格的实验放方法来减少样本与样本之间的差异性。基于质谱的蛋白质组学是一种潜在的强大和有前途的技术 ,它可以定量和特异性地分析血浆蛋白质组。通过对之前的研究回顾,不难发现红细胞溶解、血小板污染和部分凝血引起的质量问题会影响所有生物标志物研究中占比的50%,同时如何寻找一些有效方法降低候选生物标记的错配,必然会对生物标记的发现存在重要指导意义。2019年9月30日, 德国马普生化研究所所长、世界著名蛋白质组学专家 Matthias Mann 教授将其最新的研究成果发表在了国际学术期刊EMBO Molecular Medicine(IF=10.624 )上。他们利用血浆蛋白质组分析,发现了三个质量标记面板,这些质量标记面板报告了血浆样品在红细胞裂解、血小板污染和部分凝血方面的状态。这些面板可以识别到个别样本质量好坏与否,并纠正在生物标志物研究中的系统性偏差。同样,它们也可以用来评估一种新的生物标志物候选是否与污染源之一有关。最后,作者还进一步提供了样本制备指南和在线资源,以评估临床研究中个别样...
发布时间: 2019 - 10 - 21
脑膜瘤(Meningiomas)是起源于脑膜及脑膜间隙的衍生物,是一种常见的颅内肿瘤。我国脑膜瘤患者众多,发病率占颅内肿瘤的19.2%,居第2位,是最常见的脑肿瘤之一。脑膜瘤具有临床异质性,有时很难用经典的组织病理学特征进行判别。尽管新兴的分子谱分析工作已将特定的基因组驱动因素与独特的临床模式联系在一起,但脑膜瘤的蛋白质组学研究仍未得到充分探索。近日,来自加拿大玛格丽特公主癌症中心和多伦多大学的研究人员在Neuro-Oncology发表论文,利用基于质谱的蛋白质组学技术,分析了61列福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)的脑膜瘤样本蛋白质组学特征。研究结果表明,不同等级和临床参数的脑膜瘤表现出不同的蛋白质组学特征。这些蛋白质组学变异在帮助更好地预测患者预后以及开发新型治疗靶标方面具有潜在的适用性。 研究背景1. 无监督聚类分析将肿瘤定位作为驱动蛋白组学模式的关键临床特征69个队列样本中有61个成功通过了高相关性的质量控制过滤器(1B),每个样本平均鉴定2079个蛋白质,共鉴定出3042个独特的蛋白质。对细胞成分、生物学过程和分子功能的初步分析表明,这些蛋白跨越不同的细胞间隔(胞外外泌体、细胞质、细胞核、细胞膜、线粒体)和功能(蛋白结合、聚(A) RNA结合、ATP结合、钙粘蛋白结合)。为了评估这些蛋白模式是否与任何特定的临床注释相关,研究者首先通过非矩阵因子分解方法进...
发布时间: 2019 - 10 - 18
近年来,免疫学研究在全球范围内态势喜人,不仅发展速度很快,而且出现了很多新的研究热点。此外,免疫学与其他学科不断交叉渗透,从基础研究到临床转化出现了一系列创新性和革命性的突破。为了共庆免疫学目前的成就并展望更为广阔的未来,第十七届国际免疫学大会(17th International Congress of Immunology, 17th ICI)(IUIS2019)将于2019年10月19-23日在北京国家会议中心(CNCC)召开。作为大会重要合作伙伴,景杰生物邀您参与这一行业盛会!会议时间时间:2019年10月19日-23日地点:北京·北京国家会议中心景杰展位:C12大会由国际免疫学联合会(International Union of Immunological Societies, IUIS)和中国免疫学会(Chinese Society for Immunology,CSI)联合主办。这是国际免疫学界每三年一次的学术狂欢,是国际免疫学领域规格最高、规模最大、涉及面最广的学术盛会,预计将有来自全世界的6000人参与此次盛会。蛋白质组及修饰组学技术广泛运用在微生物学领域的研究中。作为国内蛋白质组学与翻译后修饰组学领域的领军企业,景杰生物积极参加此次盛会,带来全新一代4D蛋白质组学技术,与翻译后修饰研究方案,欢迎各位老师莅临C12展台,垂询业务!景杰生物将以诚挚的服务精...
发布时间: 2019 - 10 - 16
肥胖可导致2型糖尿病,心血管和肝脏疾病等一系列疾病,甚至影响女性怀孕与生育,是当代医学面临的一个严重的公共卫生问题。不同个体发生肥胖的原因也高度各异,个体遗传学的差异有助于,但还不能充分解释这种异质性发生的原因。更好地认识导致肥胖倾向的非遗传因素可能有助于识别个体发展为肥胖的风险,改善本病状态。目前,科学研究发现人体内肠道微生物群与肥胖有关,其中微生物群组成影响代谢信号的一个途径是通过脂多糖(LPS)诱发炎症反应,肠道微生物代谢产生的LPS,通过TLR4激活产生包括肿瘤坏死因子 (TNF-α)和白细胞介素- 6 (IL - 6) 在内的炎症分子,这些因子会干扰瘦素和胰岛素信号传导途径。除此之外,微生物群的组成也会影响食物能量的吸收。2019年7月1日,来自乔治亚州立大学和加州大学的Andrew Gewirtz和David J. Gonzalez团队合作在蛋白质组学Top期刊MCP上发表题为Associations of the fecal microbial proteome composition and proneness to dietinduced obesity文章。研究人员运用宏蛋白质组学等技术对肠道微生物群展开研究,研究揭示了肠道微生物群与饮食诱发肥胖的关系,发现粪便微生物宏蛋白组可作为预测饮食诱导的肥胖的微生物生物标志物。&#...
发布时间: 2019 - 10 - 16
在直肠癌和胰腺导管腺癌中,最常见的KRAS基因突变使原本处于氨基酸序列中第12位的甘氨酸突变成天冬氨酸(KRASG12D)导致KRAS蛋白处于始终激活状态,并最终导致患者生存期变短和不良预后的后果。因此,KRAS蛋白是一个具有高价值的药物作用靶点,然而目前把它作为一个可直接针对的药物靶点还未取得巨大突破。近日,麻省理工大学的研究人员在著名学术期刊Cell Systems上发表论文,利用蛋白组和磷酸化修饰组学系统研究由KRAS基因突变所引发直肠癌和胰腺癌中信号通路的变化。结果发现了数个参与了KRAS蛋白调节信号通路的非经典致瘤调节因子并且通过统计人性化分析(statistical humanization)结合小鼠和人类的蛋白磷酸化组学数据揭露了跨种属(cross-species)的治疗方向。作者首先通过TMT定量蛋白质组和磷酸化组(质谱策略)对KrasG12D和KrasWT结肠上皮组织,结肠癌组织,胰腺组织和胰腺癌组织(样本策略)进行了鉴定和比较。在这四个不同的组织中,KrasG12D导致了93个蛋白和43个磷酸化位点发生了显著的差异表达。作者通过运用PPIN(protein-protein interaction network)绘制了一幅以KRAS为核心的网络图。通过这幅网络图,作者不仅发现一些已知的KRAS 调节因子和效应因子,还发现了一些新的可被KRAS...
发布时间: 2019 - 10 - 15
编辑注 | 我们一直致力于打造蛋白质组学领域最自由的学术交流平台,专家视界是我们的一次尝试。我们会不定期邀请领域内的专家与学者,或分享他们的见解、体验和对未来的展望,内容涉及科研、临床、运用等蛋白质组学各个方向,欢迎关注!马克斯·普朗克生物化学研究所(Max Planck Institute of Biochemistry)的Jürgen Cox教授领导的计算系统生物化学小组开发了用于鉴定和定量细胞、动物组织和体液分子成分的计算方法。该研究小组致力于利用来自基于质谱技术(MS)的蛋白质组学研究和高通量测序技术(NGS)所产生的大数据,通过计算统计分析和计算机建模,来实现识别生物分子的相互作用并破译其生理功能。 ▲  Professor Jürgen Cox通过和Matthias Mann教授领导的研究部门合作,Cox团队开发出了MaxQuant软件——一种用于蛋白质组学定量分析软件工具,可用于分析MS所产生的数据。凭借着严谨而强大的功能,以及对众多平台的广泛支持性,MaxQuant业已成为蛋白质组学研究中最常用的搜库软件平台之一。其集成的MaxLFQ定量模块和match between runs功能,使得其在label-free定量方面的表现尤其突出。此外,Cox团队的研究还集中在医学上,他所开发的方法可在其他广...
发布时间: 2019 - 10 - 15
景杰学术/报道肿瘤的免疫治疗作为一种创新的治疗方式,显著提高了患者的生存率,已成为肿瘤治疗研究领域的一大热点。2018年诺贝尔生理学或医学奖授予了美国免疫学家詹姆斯·艾利森(James Allison)和日本免疫学家本庶佑(Tasuku Honjo),以表彰他们在癌症免疫疗法的贡献。 ▲ 2018 年诺贝尔医学及生理学奖获奖者:James Allison(左)、本庶佑(右)免疫检查点抑制剂(ICIs)目前被认为是黑色素瘤免疫治疗的主流,特别是针对细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4 (CTLA-4)或程序性死亡1 (PD1)免疫检查点的抗体,然而大约50%的患者对治疗没有反应。与广泛的转录组学研究相比,黑色素瘤的深入蛋白质组学分析尚未很好的开展。9月19日,国际顶级学术期刊Cell在线发表了题为“Proteomics of Melanoma Response to Immunotherapy Reveals Mitochondrial Dependence”的文章。研究人员通过对接受肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)或抗程序性死亡(PD1)免疫治疗的晚期黑色素瘤患者的蛋白质组学研究,表明了黑色素瘤的代谢状态与免疫治疗反应之间的关系。研究运用蛋白质组学定量技术,召集了两组使用TIL或抗PD1治疗的患者进行研究。对116名患者的分析显示,两种治疗方案的...
发布时间: 2019 - 10 - 15
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