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景杰生物/报道 近些年来,蛋白质组学,尤其是修饰组学的研究屡屡取得重大突破,相关的研究报道也屡屡见诸于CNS等诸多顶级期刊。“临床大样本”的接连落地,“大数据分析”的发展也推动着多组学的发展与进步。诸多迹象表明,蛋白组组学及修饰蛋白质组学作为一种技术手段,随着技术的进步与发展广泛的运用于诸多领域,进入了蓬勃发展的新阶段。回顾2018,从本周五开始,接下来的每个周五小编将根据自己的理解,与您一起回顾2018年度代表性的蛋白质组学突破与文章,本周主题为“蛋白质修饰组学”,因为篇幅较长,将分上下两篇,请您雅鉴。蛋白质修饰组学(上篇)1. Nat Commun:酰化修饰新发现---苯甲酸钠可以酰化修饰组蛋白2. Nat Commun:去泛素化酶USP14新底物及在非酒精性脂肪肝发展中的新机制3. Nature:“磷酸化/去磷酸化循环调控”---睡眠调控的全新机制4. Cell:乙酰转移酶p300底物动态变化5. Science:磷酸化蛋白组学揭示大脑中阿片类药物受体信号通路1. Nat Commun:酰化修饰新发现---苯甲酸钠可以酰化修饰组蛋白He Huang, et al. (2018) Lysine benzoylation is a histone mark regulated by SIRT2. Nature Commu...
发布时间: 2018 - 12 - 14
景杰生物/报道 茶叶源于中国,最早被作为祭品使用的,西汉中期发展为药用,在西晋后期成为普通饮料,至宋代已成为“人家一日不可无”的普遍饮用之品。现代研究表明,茶叶中含有茶多酚、咖啡碱、肌醇、叶酸、泛酸等多种成分,适当引用可以促进人体健康,故受各国人民的喜爱。因其重要的经济价值,和咖啡,可可一起被誉为"世界三大饮料"。氮元素对茶树的生长至关重要:茶树缺氮表现为叶张变薄变小,叶色变黄;生长缓慢,驻芽出现早、叶片寿命缩短,产量显著下降。严重缺氮的茶树,发芽轮次凌乱,生长停滞,更严重的会全株枯死。为了研究茶树对氮胁迫的响应,研究人员以1年生的茶树扦插幼苗为材料,在正常含氮的营养液中培养一周,然后转入去除铵盐的营养液中,作为氮饥饿处理一周(0N),继而转入含氮培养液中培养3小时(3hN)、3天(3dN)。研究表明氮胁迫幼苗在氮在补给后,3hN其叶片氮含量就增加了近30%,证明茶树有非常强的对氮元素的吸收能力。因为氮胁迫对光合作用抑制很强,研究人员发现恢复氮补给后,茶叶PSII光能转换效率也恢复正常。之前氮研究表明拟南芥光合作用中蛋白普遍受到蛋白质乙酰化修饰的修饰。因此这里,研究人员利用Western Blotting分析茶树在恢复氮补给后蛋白质乙酰化水平的变化,结果发现低氮胁迫茶树蛋白乙酰化水平很高,3dN处理后蛋白乙酰化水平显著降低。暗示蛋白质乙酰化修...
发布时间: 2018 - 12 - 12
景杰生物/解读 景杰编者按:糖尿病是一种因血液中葡萄糖水平过高所导致的疾病,其发病影响因素诸多,主要包括遗传、肥胖、年龄增长和缺乏运动等。胰岛素是由胰岛β细胞所分泌的降血糖激素,随着年龄的增长,胰岛β细胞的功能也日渐衰退,即使没有发生糖尿病,胞内控制细胞功能的遗传开关(genetic switches)也不能像年轻时那样有效地感受外界信号、执行分泌胰岛素的功能。近日,一项发表在国际专业学术杂志Cell Reports 的研究中,来自加州大学圣地亚哥分校的Sander 教授团队运用蛋白质组学和靶向代谢组学的联合分析研究,揭示了与年龄相关的胰岛细胞代谢酶水平和胰岛素分泌能力改变的机制,对随年龄变化条件下胰岛β细胞的功能提供了新的认识。◆◆研究精读◆◆实验思路:1/ 定量蛋白质组学证明了胰岛蛋白水平变化与年龄相关2/ 成年小鼠的胰岛表现出葡萄糖代谢酶水平和活性的增强3/ 与年龄相关的代谢重编程增强了胰岛素分泌功能图1. 实验思路和结论概览1 定量蛋白质组学证明了胰岛蛋白水平的变化与年龄相关作者从服用了15N氨基酸标记物的小鼠(14-week-old)和14N氨基酸无标记的小鼠(4-week-old和1-year-old)中分离出胰岛,并按照1:1混合提取蛋白后,通过15N SILAM MudPIT LC-MS/MS技术...
发布时间: 2018 - 12 - 12
景杰生物/报道 为了共同探讨蛋白质组学技术的最新进展,推动其在基础临床等多方面的转化应用,2018年蛋白质组学创新与应用技术培训会于12月08日,伴随着今年第一场雪在杭州如期举行。 作为蛋白质组学、蛋白质修饰组学领域的领军企业,杭州景杰生物科技有限公司有幸受邀,独家协助举办此次会议。此次会议共邀请到数十位业内专家学者给大家带来了精彩的演讲报告,交流了蛋白质组学创新与应用,就面临的机遇、挑战以及发展进行了深入的研讨,引起了领域内专家学者的广泛关注。浙江省大型科学仪器设备协作共用管理办公室吴晓玲教授做会议介绍 景杰生物高级应用科学家 卜晨博士景杰生物高级应用科学家卜晨博士带来了《精准医学中蛋白质组学与蛋白质翻译后修饰组学的应用》的开场报告。卜晨博士首先从中心法则的角度介绍了蛋白质研究的重要性并强调蛋白质组学在精准医学领域的潜在应用价值。随后,卜晨博士着重介绍了蛋白质翻译后修饰领域酰化修饰包括乙酰化、琥珀酰化等的研究历史,及其在机制解析、临床应用等方向的重要研究成果。最后,以临床上关于乳腺癌HER2的经典研究为例,卜晨博士给大家带来了靶向蛋白质组学的概念以及技术优势的介绍并强调其重要的临床应用价值。浙江大学医学院肿瘤研究中心教授董辰方浙江大学医学院肿瘤研究中心董辰方教授带来了题为《Targeting Metabolic Remodeling in Basal...
发布时间: 2018 - 12 - 08
景杰生物|解读景杰编者按:癌症的精准治疗一直是备受关注的研究领域之一。基于肿瘤基因组测序的方法为患者个体化选择治疗提供了可借鉴的指导信息,并的确延长了部分癌症患者的生命。然而通过在临床上的统计观察发现,真正能从基于肿瘤基因组的预测疗法中获益的患者仍然只占少数。近年来的研究表明,相比于仅通过基因组分析,蛋白质组包含了更多基因组无法识别的新信息。这一观察引出了蛋白质基因组学的概念,综合两个维度的数据分析让我们能更全面地认识肿瘤,也给肿瘤未来的精准治疗提供了新的思路和方向。近日,美国弗雷德哈钦森癌症研究中心Amanda Paulovich教授在国际专业学术期刊Nature Reviews Clinical Oncology发表了题为Clinical potential of mass spectrometry-based proteogenomics的重磅综述,为当下蛋白基因组学在临床中(特别是癌症)的应用指明了更清晰的方向。在本文中,作者表示,蛋白质基因组学相对于当前基因组驱动的癌症临床表征方法更有实际的意义,并且阐述了当下实验室如何将基于靶向蛋白质组学检测方法结合到临床中,以促进实际的转化应用。美国弗雷德哈钦森癌症研究中心成立于1975年,是世界领先的癌症研究机构之一,拥有一大批世界一流的学者和研究人员,包括3位诺贝尔生理及医学奖得主。Amanda Paulovich教授实...
发布时间: 2018 - 12 - 07
景杰生物|解读景杰编者按:泛素-蛋白酶体系统(UPS)通过底物识别,泛素结合,蛋白酶体降解等一系列步骤调控细胞内蛋白质的降解。在哺乳动物中,E3泛素连接酶和去泛素化酶(DUBs)分别通过催化蛋白质的泛素化和去泛素化修饰调控蛋白质的降解和转换,将泛素的内稳定维持在一个高度动态的过程。泛素特异性蛋白酶USP14是唯一能够与蛋白酶体19S调控颗粒可逆结合的USP家族,并通过去除底物上的泛素链抑制其被降解。目前研究已发现USP14参与了细胞的不同生理过程和多种疾病的发生,对其底物的系统鉴定有助于我们全面了解USP14的功能特征以及细胞内复杂的蛋白酶体相关的去泛素化事件。中国科学院上海药物研究所研究员谭敏佳课题组与复旦大学中山医院内分泌科教授李小英团队合作,通过基于质谱技术的蛋白质组,泛素化修饰组以及蛋白质互作组学分析,系统的筛选了USP14的底物,并揭示了与USP14高度相关的多种新的细胞通路,尤其是脂肪代谢和碳水化合物代谢。与生物信息学分析结果一致,研究者进一步证实了脂肪酸合成酶(FASN)是USP14的特异性底物,USP14通过介导FASN去泛素化,增强其稳定性,从而促进甘油三酯的聚集。该成果揭示了肝脏脂肪变性的病理过程中一个崭新的分子机制,发表在Nature communications (IF: 12.353)上。◆◆研究思路与结果◆◆研究者前期利用Affymetrix ...
发布时间: 2018 - 12 - 03
12月1日—2日,新疆植物学会2018年学术年会暨第四届新疆植物学科研究生论坛在石河子大学举行。本届年会由石河子大学承办,景杰生物作为蛋白质组学、蛋白质修饰组学领域的领军企业,独家特邀赞助并出席了此次学术会议。 本届年会主题为“美丽新疆,绿色家园,生态文明,和谐发展”,新疆植物学界紧紧围绕这一主题,在新疆植物资源多样性与保护利用,重要植物类群系统演化与地理分布,植物结构、发育与生态适应,特种植物引种驯化与种质资源保存,植物种群与生态系统,植物逆境生理与分子机理,特色植物基因工程与分子技术,药用植物药理药效等重大问题上,展开了热烈的讨论,积极提出意见和建议。旨在通过学术成果展示、讨论与争鸣,强化新疆植物学会的学科交流,为自治区生态环境的可持续发展献计献策,助力绿色发展理念融入新疆经济社会发展各个方面。会议邀请海南师范大学王旭初教授,同济大学刘海亮教授,中科院新疆生态与地理研究所田长彦研究员,石河子大学阎平教授、景杰生物资深学术顾问李琳涵博士分别做了题为《天然橡胶生物合成调控的蛋白质机制及新型产胶植物新疆橡胶草应用前景展望》、《探寻干细胞与衰老之路—以天山茶藨子的抗衰老研究谈起》、《干旱区盐碱地的盐生植物修复技术研发》、《新疆西昆仑山植物区系与物种多样性特点》、《植物科学与蛋白质组学及修饰组学研究》的大会特邀报告。针对“植物科学与蛋白质组学及修饰组学研究”这一议题,景杰生物公...
发布时间: 2018 - 12 - 02
景杰生物|报道景杰编者按:脂质的代谢涉及许多功能上独特的细胞器,如细胞质膜、ER、线粒体、过氧化物酶体、溶酶体以及脂滴(LD)等。这些细胞器为多种生化反应提供了单独的隔室,这些隔室都具有高度动态的结构,其成分和相互作用都是可以改变进而适应环境变化和代谢的挑战。在肝脏中,脂质溢出会导致各种疾病,严重程度从轻度肝细胞增多症到非酒精性脂肪性肝炎(NASH),更有可能会导致肝功能衰竭,尽管在脂肪肝中已经报道了ER应激和线粒体功能障碍,但仍然不清楚脂质积累如何影响蛋白质定位,细胞器结构和相互作用。总的来说,蛋白质组成是控制细胞器功能的关键因素,并且由不同的机制决定,因此了解肝脏脂质积累如何影响细胞器蛋白质组成及其翻译后修饰对健康和疾病的代谢具有广泛影响。常规的细胞蛋白质组学研究和翻译后修饰研究具有一定的局限性,因为它无法模拟真实的体内情况,再加上大规模样本情况下抗体的不可用性,迫切需要一种解决方法。近期,国际专业学术期刊Developmental Cell上发表了一篇利用基于质谱的蛋白质和磷酸肽相关性分析方法,去检测6000个肝脏蛋白和16000个磷酸肽的变化及其在细胞中的分布。研究发现在脂肪肝中,许多细胞器接触位点蛋白都靶向到脂滴(LD),对细胞器产生了束缚作用,重新调整了脂质代谢,整个分泌途径的蛋白质也显著发生了重新分布,包括COPI复合物的错误定位和LDs中的高尔基体的分离,...
发布时间: 2018 - 11 - 28
DIA(Data-Independent Acquisition)技术并非是全新的概念,然而在近些年来随着软硬件的不断进步,逐渐崭露头角,成为了越来越多研究者的选择 [1]。DIA相较于传统的“鸟枪法”DDA(data-dependent acquisition)质谱检测手段而言,具有无损采集,数据重现性好等特点,日益在蛋白质组学领域得到广泛应用。今天就两篇典型的应用DIA质谱检测的蛋白质组学文章进行简要概览,以飨读者。 Molecular Systems Biology —— 定量蛋白质组学揭示双胞胎之间蛋白差异遗传和环境能够影响个体基因表达情况,进而使得个体的蛋白表达水平存在较大差异。双胞胎是分析遗传因素和环境因素对个体的影响的最佳研究对象。研究者利用DIA质谱检测技术,对232例来自44位异卵双生和72位同卵双生个体,在两个不同年份采集的血浆样本进行蛋白质组学检测[2]。 图1.蛋白质组学实验设计应用人类血浆蛋白组谱图数据以及自建的DDA血浆蛋白组数据整合数据库,本次实验中,研究者在不去除高丰度蛋白的情况下,总共定量到534种血浆蛋白质,其中包括42种已通过FDA认证的临床生物标志物,且数据在232例样本之间保持了良好的重复性(变异系数CV值小于25%,中位数为7.2%)。该项结果也体现出DIA定量蛋白质组学在临床大样本研究中的较大优势。根据蛋白质组学数据...
发布时间: 2018 - 11 - 23
景杰生物|报道2018年11月15日,由中国生物化学与分子生物学会蛋白质组学专业委员会(CNHUPO)主办,北京蛋白质组研究中心等多家单位共同承办的第十届中国蛋白质组学大会在广州白云国际会议中心开幕。景杰生物作为本次会议的特邀赞助商,全程参加并支持了会议的成功举办,并进行了跟踪报道。 徐平教授主持大会开幕式本届会议盛况超前,吸引了千余名相关领域学者专家的热情参与。会议以“凤凰涅槃—蛋白质组学的新时代”为主题,CNHUPO秘书长徐平教授主持会议开幕式。在会议期间,多位国内外的著名蛋白质组学家做了高水平的大会报告,包括:军事医学科学院贺福初院士、中科院大连化物所的张玉奎院士、芝加哥大学的赵英明教授、北京蛋白质组研究中心的秦钧教授、普林斯顿大学的Ileana Cristea教授、乌德勒支大学的Albert Heck教授等做了精彩的报告。 军事医学科学院 贺福初院士贺福初院士在大会上为与会的近千名专家学者带来了题目为《Proteomics-Driven Precision Medicine——Practice on Chinese Human Proteome Project》的精彩报告。贺院士首先回顾了过去16年中国蛋白质组学的发展历程,从HLPP、Phoenix到CNHPP,一系列重大的研究计划和成果见证了中国蛋白质组学的跨越式发展。接下来,贺福初院士分享...
发布时间: 2018 - 11 - 21
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