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编辑注 | 我们一直致力于打造蛋白质组学领域最自由的学术交流平台,专家视界是我们的一次尝试。我们会不定期邀请领域内的专家与学者,或分享他们的见解、体验和对未来的展望,内容涉及科研、临床、运用等蛋白质组学各个方向,欢迎关注!本文经授权转载自徐旭东科学网博客,分享一段关于:微藻,南极和“青稞”的科学故事。原文 | 徐旭东 (中科院水生生物研究所研究员)提示:爱好生物学的可从第一段读起,爱好“青稞”(青科)靓照和辛酸故事的请直奔最后部分。如果你看多了那些神人神操作的故事,或许在我们普通人之间对于科研和职业精神的朴实理解更有惺惺相惜的感觉。地球上最冷的区域当数南极大陆。那里最低气温可达到-89.2℃,约有99.8%的面积被平均2公里厚的冰层覆盖(图1)。虽然如此,在没有冰盖的区域地表温度常年在-35℃~ 5℃范围内波动。南极的动植物生活在有季节性融水的无冰盖区域,而微藻和其他微生物则不仅生活于这些区域,还能生活于雪地、海冰和封存于冰盖之下的湖泊之中。南极与其他大陆的动植物群落相互隔绝,但是其他大陆的微生物却可以通过大气层流等途径达到南极。图1. 南极正面观。一些山脊(右上角图)和海岸带(右下角)有裸露的陆地(网络下载图片)南极为何如此寒冷?在地质史上,南极是从冈瓦纳大陆分离出来的。约在3400万年到3300万年前,CO2浓度和气温骤降,冰层覆盖南极。约2300万年前,南...
发布时间: 2019 - 12 - 30
随着以4D技术为代表的质谱方法的不断进步,蛋白质组学也逐渐从基础研究进入到了临床分析的领域。由于蛋白质是功能的执行者和药物的直接靶点,因此蛋白质组学在临床方面的应用进展一直备受瞩目。然后目前的临床蛋白质组学研究,多数仍然是以新鲜或冰冻组织为样本进行的。这些样品往往缺乏足够长的随访信息,导致了其实际的研究意义受限。另一方面,FFPE是临床一直以来最常用的样品保存方法,这类样品不但数量多、而且时间长、随访信息完整,如果能够将这些样品应用于蛋白质组学分析,无疑会具有更好的临床价值【1-4】。景杰生物已于近期隆重推出4D技术新应用-福尔马林固定石蜡包埋组织(FFPE)样本定量蛋白质组学,助力各位老师的研究。 图1. 基于石蜡包埋样本的蛋白质组学流程相较于传统3D技术方法,基于4D平台的蛋白质组学无论是在鉴定深度还是准确性上都能带来全面的提升。我们最新的测试结果显示,不同类型 FFPE 肿瘤组织样本的4D蛋白质组学可鉴定约4000个蛋白,其中骨肉瘤(Osteo sarcoma)能鉴定超过4500个蛋白,前列腺癌(Prostate cancer)能鉴定约4000个蛋白,肾母细胞瘤(nephroblastoma) 能鉴定超过5000个蛋白,部分结果如图2所示。图2. 基于4D平台的FFPE蛋白质组学测试结果产品类型:基于4D平台的Label-free蛋白质组学送样标准:3-5...
发布时间: 2019 - 12 - 25
随着以4D技术为代表的质谱方法的不断进步,蛋白质组学也逐渐从基础研究进入到了临床分析的领域。由于蛋白质是功能的执行者和药物的直接靶点,因此蛋白质组学在临床方面的应用进展一直备受瞩目。目前的临床蛋白质组学研究,多数仍然是以新鲜或冰冻组织为样本进行的。这些样品往往缺乏足够长的随访信息,导致了其实际的研究意义受限。另一方面,福尔马林固定石蜡包埋(Formalin Fixed Paraffin Embedded, FFPE)是临床一直以来最常用的样品保存方法,这类样品不但数量多、而且时间长、随访信息完整,如果能够将这些样品应用于蛋白质组学分析,无疑会具有更好的临床价值。马克斯普朗克生物化学研究所所长Matthias Mann是蛋白质组学研究领域的一位著名科学家,他在蛋白质组学质谱技术研究方面获得了许多重要的突出成果,改进或者发展了各种新型的技术,曾在Nature Methods,Cell等杂志上发表了一系列这一领域的研究成果。近日,Matthias Mann 团队在预印本BioRxiv上发表题为A streamlined mass spectrometry-based proteomics workflow for large scale FFPE tissue analysis Fabian Coscia的研究论文。介绍了一种基于质谱的蛋白质组学工作流程,可直接从病理...
发布时间: 2019 - 12 - 25
真核生物中,MAPK信号通路是细胞表面传导到细胞核内的重要信号调控通路,在关键的疾病相应,应激响应中都发挥着重要的功能机制。然而,植物中MAPK信号通路的相关作用与分子机制目前知之尚少。日前,山东农业大学郭兴启研究团队,运用定量磷酸化修饰组学针对棉花的抗菌机制开展研究,研究鉴定到一个新的植物MAPK支架蛋白GhMORG1,并揭示其在棉花抗尖孢镰刀菌中的调控作用。相关工作报道在国际知名期刊Plant Biotechnology Journal上。景杰生物为该研究的蛋白质组学、磷酸化修饰组学定量提供了技术支持。研究者首先通过生化实验证实了GhMORG1能够与MAPK信号通路中的GhMKK6蛋白互作。通过靶向基因沉默以及转基因过表达实验,研究者发现GhMORG1蛋白的缺失会造成尖孢镰刀菌感染的增加,而GhMORG1蛋白的存在能够显著降低感染水平。随后,研究者分析了GhMORG1在MAPK信号通路中的作用,发现GhMORG1能够与GhMKK6结合进而增强GhMKK6的活性。为了进一步研究GhMORG1在尖孢镰刀菌感染中发挥作用的分子机制,研究者应用GhMORG1沉默的植物株系与野生型株系,分别在感染尖孢镰刀菌与否情况下分析不同样品中的蛋白质组学与磷酸化修饰组学(组学策略)。通过蛋白质谱分析,总共鉴定到9053个蛋白,此外磷酸化修饰组学共鉴定到2920个蛋白上5065个磷酸化修饰位点(图1)...
发布时间: 2019 - 12 - 20
编者按:我们将定期推送与蛋白质组学、翻译后修饰等相关文章的盘点与概览。内容涵盖精准医学、表观遗传学与组蛋白修饰、外泌体、植物蛋白质组学等方面。欢迎关注!蛋白质组学广泛运用在外泌体相关研究中,之前几期我们回顾了外泌体在肿瘤发生发展,介导癌症化疗药物耐受等领域的应用,今天继续给大家带来外泌体蛋白组学的精选研究!今天介绍的三篇外泌体蛋白质组学精选文章,第一篇来自外泌体与肿瘤领域大牛David Lyden的又一力作,报道了肿瘤外泌体对脑转移的影响,靶向外泌体蛋白CEMIP或将成为脑转移防治的新途径。 第二篇文章发现,细胞外囊泡可以将突变的β-catenin转移至受体细胞,激活受体细胞WNT信号通路的激活而促进癌症进展。第三篇文章为北京协和医学院吴斌教授、葛微教授,鉴定血清来源外泌体蛋白SPARC和LRG1可作为结肠癌的生物标志物。从事相关研究的老师可以参考一下。NCB:肿瘤外泌体蛋白促进癌细胞脑转移Tumour exosomal CEMIP protein promotes cancer cell colonization in brain metastasis内容简介:驱动肿瘤转移的分子机制研究已经有很多,但是转移如何进入特定的器官,尤其是大脑,目前尚不清楚。事实上,脑部微环境不利于肿瘤的散播,转移效率较低。具有重塑大脑生态支持生存和生长能力的肿瘤细胞才能够成功转移定植。肿瘤来源的外泌体...
发布时间: 2019 - 12 - 20
作为中枢免疫器官,胸腺是T细胞发育和成熟的必须场所。胸腺上皮细胞(Thymus epithelial cell;TEC)是胸腺中重要的基质细胞,其突起相互连接而形成网状结构,在胸腺细胞分化、发育和选择过程中发挥重要作用。TECs根据在胸腺的位置不同,可分为两群:皮质上皮细胞 (cTECs)分布在胸腺外围皮质部分,髓质上皮细胞(mTECs)分布在胸腺中心髓质部分,分别介导胸腺细胞的阳性选择和阴性选择。这些选择过程将保证最终发育成熟的T细胞既具有识别自身MHC分子限制性抗原又对自身抗原耐受的特性。蛋白质组分析在深入了解细胞发育和功能的分子基础方面展示了其强大的优势。然而,TECs及其亚种群详细的蛋白质组分析数据尚未报道。近日,美国国立卫生研究院国家癌症研究所实验免疫学分会Yousuke Takahama等人在国际著名学术期刊Cell Reports上发表标题为Trans-omics Impact of Thymoproteasome in Cortical Thymic Epithelial Cells论文,利用转录组学、蛋白组学等技术揭示了cTECs和mTECs之间的发育和功能差异的特征分子,及胸腺蛋白酶体对皮质胸腺上皮细胞功能影响。在本研究中,作者使用了胸腺增大的转基因小鼠来克服用于蛋白质组分析的TECs数量有限这一问题。对从转基因小鼠中分离的cTECs和mTECs进行R...
发布时间: 2019 - 12 - 16
睡眠与节律是近年来炙手可热的研究领域,睡眠现象从无脊椎动物到哺乳动物中广泛存在,是一种对大脑必不可少的时间巩固行为:学习和记忆受益于睡眠,而缺乏睡眠会导致认知障碍,只有通过睡眠才能恢复,但其分子机制仍是现代生物学界一个巨大的未解之谜。睡眠睡眠需求不仅取决于清醒的持续时间和强度(稳态因子调节),也受到昼夜节律的调节,遗憾的是目前对于稳态因子和昼夜节律是如何互作调控睡眠仍不十分清楚。2018年6月,国际顶级学术期刊Nature报道了睡眠的稳态调控机制。日本筑波大学国际综合睡眠医学研究所刘清华课题组运用蛋白组学与磷酸化组学的研究方法,从“磷酸化/去磷酸化循环调控”角度提出了睡眠分子调控的新理论,研究揭示SNIPP磷酸化是睡眠需求的分子标记,SNIPP的磷酸化-去磷酸化循环是睡眠-觉醒稳态与突触平衡的主要调节机制。今天分享的这三篇睡眠需求的蛋白质组学研究文章,于2019年10月11日同期发表于国际顶级学术期刊Science上。前两篇文章均来自德国慕尼黑大学医学院Maria S. Robles教授,苏黎世大学Steven A. Brown教授的合作团队。研究人员结合蛋白质组学、磷酸化组学、转录组学技术,对小鼠前脑神经突触进行分析,首次全面的描述了在一天之中小鼠体内的数千种mRNAs、对应的蛋白质以及磷酸化位点的节律性变化,揭示了睡眠的恢复作用与神经元活动和突触可塑性之间紧密关联,同时探索了睡...
发布时间: 2019 - 12 - 16
活性氧(Reactive Oxygen Species,ROS)是细胞代谢不可避免的产物,细胞内高水平的ROS直接或间接的参与细胞信号传导,诱导细胞凋亡,是糖尿病、动脉粥样硬化和癌症等许多疾病的共同发病机制。已有的研究发现ROS影响半胱氨酸可逆氧化还原修饰,在脂质分子产生的氧胁迫中发挥关键作用 (详情请戳: NAT COMMUN:线粒体ROS通过半胱氨酸氧化修饰调控蛋白质合成 )。半胱氨酸具有活跃的侧链巯基,在生物体内往往会发生多种类型的可逆氧化还原修饰,如二硫键,S-酰化,S-谷胱甘肽化,S-亚硝基化,亚磺酰化等。最新研究显示,氧化还原修饰能够参与到一些激酶和磷酸酶的活性调控并通过磷酸化的信号传递调控细胞生长增殖等生理过程。ROS导致的氧化还原修饰与磷酸化修饰之间异常的crosstalk在氧化应激中发挥重要功能,然而对此过程还缺乏系统的研究。近日(2019年12月2日),国际专业学术期刊Nature Communications上发表题为Global redox proteome and phosphoproteome analysis reveals redox switch in Akt的论文,悉尼大学Charles Perkins中心David E. James教授研究团队通过氧化还原和磷酸化修饰组学研究脂肪细胞在氧化应激条件下整体信号通路的调控,找到氧化还原信号...
发布时间: 2019 - 12 - 09
从古老而厚重的西安,到通达而包容的郑州,再到“一桥飞架南北,天堑变通途”的武汉,秉承兼容并蓄、合作共享理念的2019年中国肿瘤标志物学术大会暨第十三届肿瘤标志物青年科学家论坛(CCTB)将于 2019年12月6-8日在湖北武汉 隆重召开。会议时间时间:2019年12月6日-8日地点:武汉·欧亚会展国际酒店景杰展位:B93作为大会重要合作伙伴,景杰生物邀您参与这一行业盛会! 本届大会多位院士领衔众多中青年学者,呈现20+紧密围绕肿瘤标志物不同领域的前沿论坛和系列活动,将有200+精心准备的学术报告,将肿瘤标志物领域一年来最前沿最全面的成果带给大家。祝您此行仰取俯拾、满载而归! 最新日程已出炉,我们整理了一些您关心的问题:1大会的详细日程是怎样的?欢迎各位老师莅临B93展台,垂询业务!景杰生物将以诚挚的服务精神和高质量技术平台,助力各位病理学领域科学家取得更多成果
发布时间: 2019 - 12 - 06
心血管疾病是全球的头号死因,根据世界卫生组织2016年统计数据,占全球总死亡人数的31%。心力衰竭(Heart Failure, HF),又称心衰,是大多数心脏病发展的终末阶段 ,其发病率高,总体预后很差。随机临床研究显示,其4-5年以内的病死率是40%-50%。是危害全民健康的最重要的心血管疾病之一,也是当今心血管领域最受关注的研究热点之一。血液是进入人体蛋白质组及其对疾病和治疗反应的理想窗口,基于血液的蛋白质组学分析,可帮助我们发现心力衰竭的发病机理和新的治疗靶点,对改善心力衰竭的临床预后提供了新的可能。近日,心血管领域专业期刊European Journal of Heart Failure(IF =13.965)在线发表了关于心力衰竭的蛋白质组学最新研究成果。来自莱斯特格伦菲尔德医院的研究人员,运用改进的血浆蛋白质组学分析方法,对预后不良(死亡及再次住院)和预后良好的心力衰竭患者血浆样本进行定量分析,研究揭示了代谢过程在心力衰竭患者临床预后中的核心作用。研究结果表明,心力衰竭患者预后不良的发病机理中涉及谷胱甘肽代谢,精氨酸和脯氨酸代谢以及丙酮酸代谢相关的蛋白质簇;谷胱甘肽,精氨酸和脯氨酸以及丙酮酸途径被激活,这些途径可能是改善心力衰竭患者预后不良疗法的潜在目标。图1.血浆蛋白质组学方法揭示心力衰竭患者的发病机理及其与临床预后效果血液中的大量高丰度蛋白及个体差异,是...
发布时间: 2019 - 12 - 06
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