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景杰学术/解读铬是一种重要的重金属,已广泛应用于工业,如电镀,木材防腐,钢铁合金生产,皮革鞣制和色素沉淀等。六价铬Cr(VI)为吞入性毒物/吸入性极毒物,易被人体吸收,可通过消化、呼吸道、皮肤及粘膜侵入人体,长期或短期接触或吸入时有致癌危险,对环境有持久危险性。目前,处理Cr(VI)污染的最有效方法是将Cr(VI)转化为毒性低得多的三价铬[Cr(III)],除各种化学或生物学方法外,通过微生物进行生物修复是一种备受期待的污染处理策略。Shewanella oneidensis MR-1,是一种异化金属还原菌。它能够在有氧或厌氧条件下将Cr(VI)还原为Cr(III)。湖南大学环境科学与工程学院杨朝晖课题组与中国科学院城市环境研究所肖勇课题组等,运用TMT标记方法结合高通量质谱的方法,通过比较未暴露与长期暴露于Cr(VI)的S. oneidensis MR-1,研究揭示了该微生物在长期Cr(VI)胁迫下的还原作用和抗性机制,有助于我们通过长期适应环境进行有效的生物修复和环境风险评估。研究成果近日发表在Environment International (IF=7.297)杂志上。景杰生物为该研究的蛋白质组学定量检测与分析提供了技术支持。研究速读1. 样本策略与微生物的培养本研究使用的菌株是S. oneidensis MR-1,一组不加入Cr(VI),另一组则加入Cr(VI)...
发布时间: 2019 - 04 - 19
先天免疫应答的激活对于维持免疫稳态和消除入侵病原体至关重要,其涉及多种信号传导途径调节和翻译后修饰。PTM是基因表达调控的组成部分,迄今为止,已经鉴定了 200种不同的PTM,其影响信号调节的不同方面。 PTM还在先天免疫应答期间充当细胞信号转导的关键调节作用。除了已经在细胞信号传导途径中广泛阐明的常规PTM(例如磷酸化和泛素化)之外,其他非常规PTM(例如乙酰化、琥珀酰化、丙二酰化等)越来越多地被证明可以控制先天免疫和炎症反应。2019年3月6日,曹雪涛等人在Journal of Experimental Medicine杂志在线发表题为“KAT8 selectivelyinhibits antiviral immunity by acetylating IRF3”的文章,该文章揭示了KAT8和IRF3赖氨酸乙酰化在抑制抗病毒先天免疫中的关键作用。为了确定MYST家族蛋白在抗病毒先天免疫中的潜在作用,研究人员使用针对5个MYST成员(KAT5,KAT6A,KAT6B,KAT7和KAT8)的siRNA进行功能筛选,以观察对小鼠腹腔巨噬细胞中IFN-β产生的影响。 仅发现KAT8的敲低能显著增强由水疱性口炎病毒引发的IFN-β的产生。此外,骨髓来源的DC中的KAT8缺乏增加了由VSV,SeV或HSV-1感染诱导的IFN-α和IFN-β的mRNA和蛋白质水平,但不增...
发布时间: 2019 - 03 - 11
丙二酰化是于2011年被首次发现的发生在赖氨酸上的一种进化保守的蛋白质翻译后修饰(PTM)类型。它的发生依赖于丙二酰辅酶A将丙二酰基团添加到赖氨酸并将其电荷从+1更改为−1。这一变化有可能破坏赖氨酸与其他氨基酸的静电相互作用并改变蛋白质构象,甚至可能影响其与靶蛋白的结合。尽管丙二酰化已经被证实存在于多种代谢途径中,比如脂肪酸合成和氧化,线粒体呼吸和糖酵解等等。然而,更深入的丙二酰化修饰相关生理功能还鲜有报道。近日,来自都柏林圣三一学院等机构的研究人员在国际专业学术期刊Nature Communications上发表论文,首次关注了巨噬细胞-炎症反应-代谢-丙二酰化修饰之间的密切关系。研究人员通过对小鼠骨髓来源的巨噬细胞进行脂多糖(LPS)处理并进行丙二酰化修饰组学分析,共鉴定到412个蛋白上的843个发生了丙二酰化修饰的位点。尤其值得注意的是,作者鉴定到GAPDH上的赖氨酸213位点发生丙二酰化修饰。正常情况下,GAPDH结合并抑制几种炎症相关mRNA的翻译,包括编码TNFα的。一旦GAPDH发生丙二酰化修饰,其与编码TNFα的mRNA分离,促进翻译。因此这项研究首次识别到丙二酰化可作为调节GAPDH与mRNA之间的结合来促进炎症的关键信号。景杰生物作为蛋白质组学、蛋白质修饰组学的领跑者,承担并完成项目中的丙二酰化修饰组学定量,以高质量的组学技术服务助力研究工作。 研究精...
发布时间: 2019 - 03 - 11
景杰生物/报道 编者按:2019年1月25日,四川大学(Sichuan University)华西附二院在国际知名期刊Nature Communications上在线发表文章,题为:Loss-of-function mutations in QRICH2 cause male infertility with multiple morphological abnormalities of the sperm flagella。研究者在2个近亲结婚家系中,发现2名精子鞭毛多发形态异常(MMAF)的不育患者,经过全外显子组测序和分析,发现两名患者均存在QRICH2基因的纯合无义突变。随后研究者利用基因敲除技术,构建了Qrich2基因的KO小鼠,发现Qrich2 KO小鼠表现出MMAF表型, 证明QRICH2为MMAF新的致病基因。同时通过TMT定量蛋白质组学方法并结合功能实验,证实QRICH2能够稳定并上调与精子鞭毛结构发育相关的蛋白,揭示其在精子鞭毛形成过程中的重要作用。精子缺陷是男性不育的直接原因,包括精子数量减少、能动性降低和形态异常。研究表明超过80 %的男性不育是由精子能动性受损引起的,而精子形态对精子移动起了至关重要的作用。有缺陷的精子形态涉及精子头部、颈部、中段或尾部的多种表型。其中,精子鞭毛的多发形态异常( MMAF)包括卷曲、弯曲、不规则、短或/和...
发布时间: 2019 - 01 - 28
景杰生物/报道 编者按:2018年8月,中国医科大学附属盛京医院生殖医学中心王秀霞教授、李达副教授团队受邀在蛋白质组领域排名第一的期刊Mol Cell Proteomics上发表一篇关于男性精子蛋白质组学和体外受精生殖研究的文章,该研究在国际上首次证实,短时禁欲精子行IVF治疗的临床优势及分子基础。文章一经发表,该团队与盛京医院随即登上全球最大的科学新闻媒体-美国科学促进会(AAAS)和-英国广播公司(BBC),随后被美国、英国、法国、瑞士、日本、墨西哥、阿拉伯联合酋长国、印度等40多家媒体广泛报道;发表三个月内Altmetric得分115,Mol Cell Proteomics排名第二,同时入选MCP Top25文章,引起国际生殖领域积极反响,同时ScienceDaily也对该团队进行了专访。AAAs与ScienceDaily对研究给予了高度评价男性和女性结合组成家庭,孩子是一个幸福家庭的重要因素,然而被不孕不育问题困扰的家庭不在少数。在美国达到生育年龄的人群中,不孕不育的女性占11%,男性占9%;在英国,每7对夫妇中就有一对怀孕困难。很多夫妇都会去寻求生育方面专家的帮助,但是专家有可能也会给出错误的建议。1952年发表的一篇关于生殖的研究调查显示,在禁欲低于4天的男性精液中精子活动最活跃[1]。到1979年,研究人员使用多变量统计方法,首次评估了维持正常射精频率受试者...
发布时间: 2019 - 01 - 02
景杰生物/报道 大家好,蛋白质组学年度回顾又和各位见面了。上周小编与大家回顾总结了蛋白质修饰组学领域2018亮点研究,没看过的老师可以点击下面的链接查看。回顾 | 2018年蛋白质修饰组学亮点研究(上)回顾 | 2018年蛋白质修饰组学亮点研究(下)本周小编将根据自己的理解,总结小编心目中2018年度“表观遗传学”亮点研究。因为篇幅较长,将分上下两篇,请您雅鉴。表观遗传学最早在1939年由英国发育生物学家C. H. Waddington首先提出。目前表观遗传调控机制主要通过DNA甲基化(DNA methylation)、组蛋白修饰(Histone modification)、染色质重塑(Chromatin remodeling)和非编码RNA调控(Non-coding RNA)等方式来实现。组蛋白修饰是表观遗传学研究的核心热点,2018年9月,Albert Lasker基础医学研究奖便授予了在组蛋白功能和修饰研究中做出开创性贡献的两位科学家:Michael Grunstein和Charles David Allis。近些年来,随着蛋白质组学技术以及抗体技术不断发展,越来越多的新型组蛋白修饰以及新颖的调控机制被揭示出来,并见诸高水平期刊。表观遗传学-组蛋白修饰(上篇)Cell...
发布时间: 2018 - 12 - 21
景杰生物/报道 茶叶源于中国,最早被作为祭品使用的,西汉中期发展为药用,在西晋后期成为普通饮料,至宋代已成为“人家一日不可无”的普遍饮用之品。现代研究表明,茶叶中含有茶多酚、咖啡碱、肌醇、叶酸、泛酸等多种成分,适当引用可以促进人体健康,故受各国人民的喜爱。因其重要的经济价值,和咖啡,可可一起被誉为"世界三大饮料"。氮元素对茶树的生长至关重要:茶树缺氮表现为叶张变薄变小,叶色变黄;生长缓慢,驻芽出现早、叶片寿命缩短,产量显著下降。严重缺氮的茶树,发芽轮次凌乱,生长停滞,更严重的会全株枯死。为了研究茶树对氮胁迫的响应,研究人员以1年生的茶树扦插幼苗为材料,在正常含氮的营养液中培养一周,然后转入去除铵盐的营养液中,作为氮饥饿处理一周(0N),继而转入含氮培养液中培养3小时(3hN)、3天(3dN)。研究表明氮胁迫幼苗在氮在补给后,3hN其叶片氮含量就增加了近30%,证明茶树有非常强的对氮元素的吸收能力。因为氮胁迫对光合作用抑制很强,研究人员发现恢复氮补给后,茶叶PSII光能转换效率也恢复正常。之前氮研究表明拟南芥光合作用中蛋白普遍受到蛋白质乙酰化修饰的修饰。因此这里,研究人员利用Western Blotting分析茶树在恢复氮补给后蛋白质乙酰化水平的变化,结果发现低氮胁迫茶树蛋白乙酰化水平很高,3dN处理后蛋白乙酰化水平显著降低。暗示蛋白质乙酰化修...
发布时间: 2018 - 12 - 12
景杰编者按:自芝加哥大学赵英明教授开创性地发现八种新型赖氨酸酰化修饰(丙酰化、丙二酰化、丁酰化、琥珀酰化、巴豆酰化、2-羟基丁酰化、3-羟基丁酰化、戊二酰化等)和相应地鉴定出四百多个组蛋白赖氨酸修饰表观遗传密码以来,赖氨酸修饰已成为整个蛋白质修饰研究的中心事件,逐渐构建出“酰化生物学 (Lysine Acylation Biology)“的框架图。其中赖氨酸琥珀酰化修饰是赵英明课题组2010年在Nature Chem Biol 首次报道的一种新型蛋白质修饰类型,并在后继相报道了组蛋白琥珀酰化与去琥珀酰化催化酶Sirt5和Sirt7。随着赵英明教授的开创性工作,有关琥珀酰化修饰在代谢稳态、表观调控、肿瘤发生、心血管疾病等领域涌现出一批创新性的研究成果,构成了近年来蛋白质修饰研究最绚丽的一道风景!然后,琥珀酰化修饰特异性催化酶的鉴定一直迟迟未能取得进展,从而极大地限制了该修饰的深入功能与机制研究。近日,国际权威期刊Nature发表了琥珀酰化修饰特异性催化酶鉴定的突破性成果,首次报道了KAT2A(GNAT家族组蛋白乙酰转移酶)和酮戊二酸脱氢酶复合体α-KGDH(催化琥珀酰辅酶A合成)结合,在细胞核内形成复合体,行使其高特异性的琥珀酰转移酶的活性。利用景杰生物独家开发的琥珀酰化修饰泛抗体和组蛋白位点特异性琥珀酰化抗体,研究人员发现KAT2A-KGDH复合体可以提高组蛋白H3K79的琥珀酰化...
发布时间: 2017 - 11 - 22
盐碱、干旱、极端温度等非生物胁迫是严重影响植物生长和发育造成农作物减产的主要原因,所有这些胁迫都会引发细胞内活性氧的大量积累,从而给植物带来氧化胁迫。近日,由南京农业大学谢彦杰组和合作者在植物领域著名期刊《Plant Cell & Environment》上发表文章,首次报道水稻通过改变自身乙酰化和琥珀酰化修饰来响应外界氧化胁迫刺激。本研究在水稻叶片中一共鉴定到2593个琥珀酰化蛋白(5502个位点)和1024 乙酰化蛋白(1669个位点),其中有 723个蛋白同时发生乙酰化和琥珀酰化修饰。并且通过组学线索寻找到在胁迫条件下,和氧化胁迫密切有关的过氧化氢酶CATA和谷胱甘肽转移酶OsGSTU6上的修饰也发生了显著变化(非组蛋白修饰研究),并通过去琥珀酰化修饰体外实验验证了去琥珀酰化修饰,会显著影响过氧化氢酶CATA和谷胱甘肽转移酶OsGSTU6的活性。本文进一步扩宽了特别是在植物里面乙酰化和琥珀酰化修饰蛋白的种类,同时为后续进一步做深入的植物逆境胁迫分子机制研究提供非常多的线索,并建立了扎实的组学数据基础;同时,也给我们提供了一条非常好的修饰组学+验证的文章写作思路和策略。为其他如拟南芥、大豆、小麦等植物研究领域后续开展修饰组学提供了借鉴和参考。景杰生物可以为您提供一整套常规蛋白质组学及修饰组学研究的解决方案,同时还能为您提供高灵敏度的修饰类泛抗体助力您的研究工作。本文中关...
发布时间: 2017 - 11 - 22
自2015年美国提出精准医学的概念以来,就迅速在全球形成共识!且我国也在2015年将精准医学上升为国家战略,并在基础研究和产业化开发方面专门建立了国家层面的资助体系,由此自2016年起设立了“精准医学国家重大专项”以推动我国的精准医学研究和产业化开发在世界的领先地位。当前,由于技术上的相对简单和成熟,目前比较常见的精准检测项目主要是基于测序的技术,从基因的层面上来进行解读。然而越来越多的研究结果和临床实践证明,基因检测尽管在罕见遗传病检测上取得了巨大的成功,但针对更多的诸如癌症、心血管疾病等“常见病”时却未能取得预期的效果。基因仅仅是生物学功能的基础,基因上的变异往往未必能够反映到执行功能的蛋白质上,因此基因的检测也只能提供一个粗略的“可能性”。去年,美国影星朱莉根据基因检测的结果进行预防性的乳腺切除手术也引起了人们关于基因检测引发过度治疗的广泛争议,有统计指出事实上大部分的预防性切除都是不必要的。今年,斯坦福大学基因学泰斗Jonathan Pritchard在Cell上刊文质疑GWAS研究的实际意义,一石激起千层浪,也引发了人们对于基因万能论的进一步质疑和讨论[1]。相比基因而言,蛋白质是生物功能的直接执行者,蛋白质异常正是导致疾病发生的最直接原因,因此直接针对蛋白质的检测方才能够实现真正的“精准”诊断。近些年一系类的重大研究表明,基因层面、转录层面的信息和真正执行功能的蛋白质层...
发布时间: 2017 - 11 - 10
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